Leušinski manastir započeo je izgradnjom male drvene crkve u istoimenom selu u Novgorodskoj provinciji. Sredstva za izgradnju izdvojio je zemljoposednik G. V. Kargopoltseva, crkva je posvećena u čast Jovana Krstitelja. Istovremeno, trgovac G. M. Medvedev poklonio je ikonu Pohvale Bogorodice, koja je ubrzo postala poznata po svom čudotvornom djelu. Bilo je to 1862.
Uspostavljanje samostana
Slava o Leušinskom svetilištu brzo se proširila okrugom, što je nagnalo monahinju manastira Ribinskog Sergija da stvori novi manastir. U početku je postojala pustinja Predtechenskaya zajednica, u kojoj je 17 sestara živjelo u dvije male kuće. Od 1877. do 1881. zajednicu je predvodila monahinja Goritskog manastira Leontija. Za to vrijeme urađeno je dosta posla na izgradnji i uređenju ovih mjesta. Pojavile su se dvije kamene kuće za stanovanje sestara, crkva je popravljena i izgrađena kućna crkva.
Treća od sestara, zahvaljujući kojojnastao je Leušinski manastir, Taisija je postala monahinja Znamenskog manastira. Njenim zalaganjem nastavljeno je uređenje i izgradnja, uvedena lokalna tradicija, služene molitve, što je omogućilo preimenovanje zajednice u manastir Svetog Jovana Krstitelja. 1885. monahinja Taisija je postala njegova prva igumanija.
Igumanija Taisija (Marija Vasiljevna Solopova)
Osnivač manastira je vodio manastir 34 godine do dana njene smrti. Za to vreme, Leušinski manastir je postigao slavu „Severne lavre“, s pravom se smatra trećim manastirom u zemlji posle Divejeva i Šamordina.
Dobro obrazovanje stekla u Sankt Peterburgu i pokazala velike književne sposobnosti, Marija Solopova je otišla u manastir, smatrajući služenje Bogu svojim pravim pozivom. Postrigla se 1870. godine, živela je u nekoliko manastira, vršeći razna poslušanja, od kojih je poslednja, pre nego što je postavljena u Leušino, bila služba blagajnika manastira Znamenski na reci Volhov.
Igumanija Leušinskog manastira Taisija je uložila mnogo truda da od malog manastira stvori poznati, prosperitetni manastir. Teritorija je obnovljena, pojavili su se novi hramovi i zgrade, staze su bile obložene pločama. Ali najvažnije je da je uspela da uspostavi dobre odnose sa lokalnim stanovništvom, koji su se ranije protivili manastiru. U manastiru su se pojavile ubožnica, bolnica sa 10 kreveta, u kojoj su radile posebno obučene sestre, biblioteka i tri škole. Obrazovanje djece se odvijalo novcem manastira, a kvalitet obrazovanja smatran je najboljim u Novgorodskoj guberniji.
Prije revolucije u manastiru je živjelo 460 monahinja koje su vodile domaćinstvo, radile u polju, čuvale stoku i radile u raznim radionicama. Njihove proizvode carska porodica je prihvatila na poklon, a igumanija je bila počašćena ličnim susretom sa kraljevskim parom 7 puta, što je bilo neobično za provincijsku časnu sestru.
Razvoj Leušinskog manastira pod vodstvom Majke Taisije nastavio se ne samo na njegovoj teritoriji. Tokom godina otvorena su tri imanja: u Sankt Peterburgu, Ribinsku i Čerepovcu, pojavila su se dva skita, izgrađen je pristanište u blizini sela Borki, gde su počeli da pristaju svi putnički brodovi koji plove duž Šeksne.
Majka Taisija je umrla 1915. godine, ostavljajući svojoj nasljednici igumaniji Agniji jedan od najboljih manastira u Rusiji.
Zatvaranje manastira
Posle revolucije, manastir je preimenovan da bi se sačuvao. Godine 1919. Leušinski manastir je zvanično prestao da postoji, pretvarajući se u žensku radničku komunu. A 1923. godine, novu državnu farmu Leushino vodila je sekularna osoba koja nije željela da ulazi u brige sestara koje nisu napustile manastirske zidine.
Početkom 1930-ih, časne sestre, kao vanzemaljski element, bile su iseljene, a oni koji su se protivili takvoj odluci bili su potisnuti. Manastirske zgrade su prebačene na vlast, koja je ovdje otvorila školu za djecu teškog obrazovanja.
Budući da su bogosluženja i monaški zaveti nastavljeni u manastiru do 1932. godine, sveštenstvo razmatra prinudno uklanjanje iz manastira poslednjegčasne sestre.
Izgradnja ribinskog rezervoara
Poznati plan "Velika Volga", zahvaljujući kojem je napravljen veliki iskorak u razvoju industrije i odbrambene sposobnosti sovjetske zemlje, prihvaćen je za izvršenje 1923. godine. Izgradnjom osam velikih hidroelektrana riješeni su energetski problemi mlade Unije, Volga je postala transportna arterija cijelom svojom dužinom.
Rješenje ovog problema bilo je praćeno ogromnim žrtvama. Posječene su ogromne površine šuma, još veća površina vodenih livada sa visokokvalitetnim krmnim travama je otišla pod vodu, izvršena je kolosalna intervencija narušavajući okoliš, staništa lokalnih predstavnika flore i faune. Ali najveći udarac bilo je iseljavanje lokalnog stanovništva iz poplavljenih područja. Uništene su kuće, zgrade, hramovi. 700 naselja je sakriveno pod vodom, grad Mologa je potpuno nestao, Kalyazin, Uglich, Myshkin i drugi gradovi su poplavljeni, izgubivši dio imovine.
Poplava Leušinskog manastira
Od 1935. godine počela je izgradnja hidroelektrana u Ribinsku i Ugliču, vršene su pripreme za plavljenje teritorija. U ovu zonu je spadala i nekadašnja teritorija manastira. Dokumenti tvrde da je uoči svog imenovanja u Leušinski manastir majka Taisija imala proročanski san o poplavi ovih mesta.
Poglavari manastirskih crkava uzdizali su se iznad vode sve do 60-ih godina prošlog veka, dubina rezervoara nije bila dovoljna da ih sakrije. Onda su se srušili. Najsušnije ljeto zabilježeno dugi niz godina dogodilo se 2002.
Nivo vode je kritično pao, a ostrva su se počela pojavljivati na mapi Ribinskog rezervoara. Tako su očuvani zidovi zgrada bivšeg Leušinskog manastira postali vidljivi iz vode. Na ostrvu je služena molitva.
Stvaranje Novoleušinskog manastira Jovana Krstitelja
U gradu Myakse, u spomen na izgubljeni manastir 2015. godine, osvećena je nova crkva u ime Jovana Krstitelja, koja se nalazi nedaleko od starog manastira. Ovdje je stvorena i nova zajednica od šest sestara, koje su živjele u staroj trgovačkoj kući pored hrama. Bavili su se poljoprivredom i uređenjem prostora. Krajem 2016. Sveti sinod je odobrio molbu za otvaranje Novouleušinskog manastira u selu Mjaksa, postavljajući monahinju Kirilu za igumaiju. Istorija Leušinskog manastira se nastavlja.