Tokom prvih nekoliko godina svog postojanja, država je nastojala da bude priznata kao jedini nasljednik Jugoslavije, ali su se druge bivše sovjetske republike usprotivile ovim tvrdnjama. Ujedinjene nacije su odbile zahtjev za uključivanje Jugoslavije. Na kraju, nakon svrgavanja Slobodana Miloševića sa mesta predsednika federacije 2000. godine, zemlja je odustala od ovih težnji i prihvatila mišljenje Badinterovog arbitražnog komiteta o zajedničkoj sukcesiji. Ponovo je podnio zahtjev za članstvo u UN-u 27. oktobra i primljen je 1. novembra 2000.
Ručno
SRJ je u početku vladao Slobodan Milošević kao predsednik Srbije (1989-1997), a zatim predsednik Jugoslavije (1997-2000). Milošević je instalirao i iznudio smenu nekoliko saveznih predsednika (kao što je Dobrica Ćosić) i premijera (kao što je Milan Panić). Međutim, crnogorska vlada, koja je u početku vatreno podržavala Miloševića, počela je postepenodistanciraju se od njegove politike. To je dovelo do promjene režima 1996. godine kada je njegov bivši saveznik Milo Đukanović promijenio politiku, postao lider crnogorske vladajuće partije, a potom smijenio bivšeg crnogorskog lidera Momira Bulatovića, koji je ostao lojalan Miloševićevoj vladi. Pošto je od tog vremena Bulatović postavljen na centralne funkcije u Beogradu (kao savezni premijer), Đukanović je nastavio da upravlja Crnom Gorom i dalje je izolovao od Srbije. Tako je od 1996. do 2006 Crna Gora i Srbija su bile nominalno jedna država. Menadžment u svakom mogućem političkom, ekonomskom i društvenom segmentu je vršen na lokalnom nivou, u Beogradu za Srbiju i Podgorici za Crnu Goru.
Unija Srbije i Crne Gore
Kao labava unija, ili konfederacija, Srbija i Crna Gora bile su ujedinjene samo u određenim oblastima, kao što je odbrana. Dvije konstitutivne države funkcionisale su odvojeno tokom čitavog perioda postojanja Savezne Republike i nastavile da funkcionišu u okviru posebne ekonomske politike, kao i korišćenjem posebnih valuta (euro je bio jedino zakonsko sredstvo plaćanja u Crnoj Gori). Dana 21. maja 2006. godine održan je referendum o nezavisnosti Crne Gore, a za nezavisnost se izjasnilo 55,5% birača. Poslednji ostaci bivše Jugoslavije, 88 godina nakon njenog stvaranja, okončani su zvaničnim proglašenjem nezavisnosti Crne Gore 3. juna 2006. godine i zvaničnim proglašenjem nezavisnosti Srbije 5juna. Nakon raspada, Srbija je postala pravni sledbenik unije, a nova nezavisna Crna Gora ponovo je podnela zahtev za članstvo u međunarodnim organizacijama.
Posljedice katastrofe
Nakon raspada Jugoslavije 1990-ih, samo su republike Srbija i Crna Gora pristale da zadrže jugoslovensku državu, a 1992. godine usvojile su novi ustav za novu Jugoslaviju. Nakon sloma komunizma u istočnoj Evropi, nova država je pratila talas demokratskih promena. Napustio je komunističke simbole: crvena zvezda je skinuta sa državne zastave, a komunistički grb zamenjen belim dvoglavim orlom sa grbovima Srbije i Crne Gore unutra. Nova država je takođe stvorila jednočlanu funkciju predsednika, prvobitno imenovanu uz saglasnost republika Srbije i Crne Gore do 1997. godine, nakon čega je predsednik demokratski biran.
Stvaranje Savezne Republike Jugoslavije
Sa raspadom Jugoslavije i njenih institucija između 1991. i 1992. godine, postavilo se pitanje jedinstva dve republike koje su ostale u raspadnutoj federaciji: Srbije i Crne Gore; kao i teritorije sa srpskom većinom u Hrvatskoj i Bosni koje su željele ostati ujedinjene. Godine 1991., kao rezultat diplomatskih pregovora koje je vodio lord Karington sa šest lidera, sve republike, sa izuzetkom Srbije, složile su se da se Jugoslavija raspadne i da svaki njen autonomni deo postane nezavisna država. Vlada Srbije je bila iznenađena i ogorčena odlukom Crne Gore da se okončaJugoslaviju, pošto je Bulatovićeva vlada ranije bila blisko povezana sa Miloševićevom vladom u Srbiji. Raspad Jugoslavije počeo je 1991. godine kada su Slovenija, Hrvatska i Makedonija proglasile nezavisnost. Tada je formirana Savezna Republika Jugoslavija.
Treća Jugoslavija
26. decembra 1991. Srbija, Crna Gora i srpske pobunjeničke teritorije u Hrvatskoj dogovorile su se da će formirati novu "treću Jugoslaviju". I 1991. godine se nastojalo uključiti eserovu Bosnu i Hercegovinu u federaciju, gdje su u toku pregovori između Miloševića, Srpske demokratske stranke BiH i pristalice bošnjačkog ujedinjenja, potpredsjednika BiH Adila Zulfikarpašića. Zulfikarpašić je smatrao da Bosna može imati koristi od ujedinjenja sa Srbijom i Crnom Gorom, pa je podržavao savez koji će osigurati jedinstvo Srba i Bošnjaka. Zastava Savezne Republike Jugoslavije nije se ni po čemu razlikovala od svoje prethodnice.
Milošević je nastavio pregovore sa Zulfikarpašićem o uključivanju Bosne u novu Jugoslaviju. Međutim, napori da se cijela Bosna inkorporira u novu Jugoslaviju su praktično nestali do kraja 1991. godine, kada je Izetbegović planirao održati referendum o nezavisnosti dok su bosanski Srbi i bosanski Hrvati formirali autonomne teritorije.
Svađa među bratskim narodima
Od 1996. prvi javni znaci političkog neslaganja izmeđudijela crnogorskog i srpskog rukovodstva. Do 1998. godine, kada je crnogorski premijer Milo Đukanović došao do izražaja u borbi za vlast sa crnogorskim predsednikom Momirom Bulatovićem, republika je vodila drugačiju ekonomsku politiku, usvajajući nemačku marku kao valutu. U jesen 1999. godine, nakon rata na Kosovu i NATO bombardovanja, Đukanović (koji je do sada čvrsto držao vlast u Crnoj Gori kao Bulatović je bio potpuno svrgnut) pripremio je nacrt dokumenta pod naslovom Platforma za redefiniciju odnosa Crne Gore Srbije („Platforma za federalnu Republika Jugoslavija“), pozivajući na velike promjene u podjeli administrativnih nadležnosti unutar SR Jugoslavije, iako i dalje zvanično Crnu Goru vidi kao zajedničku državu sa Srbijom. Milošević nije odgovorio na Platformu, smatrajući je neustavnom.
Rasteći napon
Politički odnosi u saveznoj državi postajali su sve napetiji, posebno u pozadini talasa atentata na vrhunske političke, kriminalne i državne poslovne ličnosti u obe republike (Željko "Arkan" Rožnatović, Pavle Bulatović, Čika Petrović i Goran Žugić), te dva atentata na opozicionog političara Vuka Draškovića. Do oktobra 2000. Milošević je izgubio vlast u Srbiji. Suprotno očekivanjima, Đukanovićanova reakcija na smjenu vlasti u Beogradu nije bila da dalje pogura agendu zacrtanu u njegovoj "Platformi", već da odjednom počne da se zalaže za punu nezavisnost, čimepotpuno ga odbaciti u tom procesu. Naredne vlade Crne Gore vodile su politiku za nezavisnost, a političke tenzije sa Srbijom su tinjale uprkos političkim promjenama u Beogradu. Sve ove strasti bile su prirodni rezultat istorije stvaranja Savezne Republike Jugoslavije.
Uspostavljanje konfederacije
Srbija i Crna Gora su 2002. godine sklopile novi sporazum o nastavku saradnje, koji je, između ostalih promjena, obećavao i kraj Jugoslavije. Obe zemlje su ranije bile u sastavu Savezne Republike Jugoslavije. Savezna skupština Jugoslavije je 4. februara 2003. godine stvorila slobodnu državnu zajednicu, odnosno konfederaciju, Državnu zajednicu Srbija i Crna Gora. Postignut je sporazum o novoj ustavnoj povelji koja bi predstavljala osnovu za upravljanje državom.
Nezavisnost Crne Gore
U nedjelju, 21. maja 2006. godine, Crnogorci su glasali na referendumu o nezavisnosti. 55,5% je podržalo nezavisnost. Toliki broj glasova "za" bio je neophodan za raspad Jugoslavije. Izlaznost je bila 86,3% i 99,73% od više od 477.000 datih glasova je bilo validno.
Naknadno proglašenje nezavisnosti od strane Crne Gore (u junu 2006.) i Srbije (5. juna) okončalo je konfederaciju Jugoslavije, a time i posljednje preostale ostatke Savezne Republike.
Privredni razvoj Savezne Republike Jugoslavije
Država je znatno ekonomski stradala zbog kolapsa i neefikasnog upravljanja privredom, itakođe produženi period ekonomskih sankcija. Početkom 1990-ih, SRJ je patila od hiperinflacije jugoslovenskog dinara. Do sredine 1990-ih, SRJ je prevazišla inflaciju. Dalja šteta jugoslovenskoj infrastrukturi i industriji izazvana ratom na Kosovu ostavila je privredu samo upola manju nego 1990. godine. Nakon svrgavanja bivšeg predsednika Savezne Jugoslavije Slobodana Miloševića u oktobru 2000. godine, koaliciona vlada Demokratske opozicije Srbije (DOS) je sprovela stabilizacijske mere i krenula u agresivnu agendu tržišnih reformi. Nakon ponovnog članstva u Međunarodnom monetarnom fondu u decembru 2000. godine, Jugoslavija je nastavila da se reintegriše sa ostatkom svijeta pridruživanjem Svjetskoj banci i Evropskoj banci za obnovu i razvoj.
Manja Republika Crna Gora odvojila je svoju ekonomiju od federalne kontrole i od Srbije tokom Miloševićeve ere. Nakon toga, dvije republike su imale odvojene centralne banke, dok je Crna Gora počela da koristi različite valute: prvo je usvojila brend Deutsch i nastavila da ga koristi sve dok nije propao i nije ga zamijenio euro. Srbija je nastavila da koristi jugoslovenski dinar, preimenujući ga u srpski dinar.
Složenost političkih odnosa u SRJ, spor napredak u privatizaciji i stagnacija evropske privrede naštetili su ekonomiji. Aranžmani sa MMF-om, posebno zahtjevi za finansijskom disciplinom, bili su važni elementi u kreiranju politike. Ozbiljna nezaposlenost je bilaključno političko i ekonomsko pitanje. Korupcija je takođe veliki problem sa velikim crnim tržištem i visokim stepenom umešanosti kriminala u formalnu ekonomiju.
