U vrijeme "bez državnosti" nakon smrti Ivana Groznog, sa bolesnim i slabim Fjodorom, bojari su započeli otvorenu borbu za vlast. Najjači od njih bio je bivši opričnik Godunov. Posle Teodorove smrti, patrijarh Jov je okupio Zemski sabor da bi izabrao novog vladara. U ovoj katedrali okupili su se Patrijarhov savet, Bojarska duma i službenici i predstavnici trgovačkog i industrijskog stanovništva Moskve. Najvjerovatniji kandidati su bile dvije osobe: carev zet Boris Fjodorovič Godunov i rođak cara Fjodora, najstariji sin Nikite Romanoviča - Fjodor Nikitič Romanov.
Godine vladavine Borisa Godunova nastupile su u teškom trenutku u istoriji ruske države. To je bio period od 1598. do 1605. godine. U stvari, budući car je već bio na vlasti pod bolesnim sinom Ivana Groznog, Fjodorom.
Vladavina Borisa Godunova počela je dvosmisleno. U februaru 1598. Vijeće je ponudilo prijesto Borisu, ali je on to odbio. Kako bi on pristao, organizovana je povorka do Djevojačkog samostana, gdje je Boris boravio sa svojom sestrom. Budući kralj je bio prisiljen pristati da se popne na prijestolje. Stoga je izbor Godunova bio popularan. Međutim, istovremenovjerovalo se da je potajno pribjegavao prijetnjama i podmićivanju kako bi to postigao.
Boris je oženjen kraljevinom tek 1. septembra, uvjeren u snagu narodnog izbora. Vladavina Borisa Godunova u cijeloj svojoj dužini odlikovala se krajnjim oprezom. Plašio se pokušaja njegove vlasti, eliminisao je sve bojare koji su mu bili sumnjivi. Njegov pravi rival bio je samo Fedor Nikitič Romanov, zbog čega su svi Romanovi bili suđeni pod optužbom za zavjeru protiv suverena. Bojari nisu voljeli cara, smatrajući ga nasljednikom Groznog s njegovim progonom plemstva.
Vladavina Borisa Godunova bila je nastavak Fjodorove politike, odnosno onoga što je Godunov radio pod njim. On je svim sredstvima nastojao da povrati blagostanje naroda, narušeno u doba Groznog. U vanjskoj politici nastojao je izbjeći sukobe, suzdržati se od novih ratova. Bilo mu je stalo do jačanja pravde, želio je da bude dobar suveren za narod. On je zaista dao mnogo koristi običnim ljudima. Tri godine zaredom, od 1601. godine, došlo je do propadanja useva, što je dovelo do masovnih smrtnih slučajeva od gladi. Boris je organizovao besplatnu podelu hleba gladnima iz kraljevske riznice, pokrenuo velike zgrade u prestonici da bi ljudima davao prihod.
Vladu Borisa Godunova pratila je glad, pljačka, ali to nije bila njegova krivica. Međutim, to je doprinijelo rastu nezadovoljstva kraljem. Nakon gladi uslijedila je druga nesreća - narodni ustanak za samoproglašenog carevića Dmitrija. Tokom ove borbe, BorisGodunov je neočekivano umro (1605).
Godunov je pridavao veliku važnost evropskom obrazovanju. Kralj je komunicirao sa stranim stručnjacima iz oblasti tehnologije i medicine, rado ih je vodio u javnu službu. Slao je mlade ljude u strane zemlje, planirao je da uredi moskovske škole na strani način. Formirao je vojni odred Nemaca po stranom uzoru. Pod Godunovom, moskovska vlada je očigledno bila privučena bližim kontaktima sa prosvećenim Zapadom i asimilacijom evropskog znanja.
Tako vladavinu Borisa Godunova ukratko opisuje većina istoričara. Mnogi sumnjaju kako je legalno dobio vlast, vjerujući da je njegov rad bio ubistvo najmlađeg sina Groznog, careviča Dmitrija, u Uglichu.
